Der Ursprung der Mühle liegt im Jahr 1899. Sie wurde zu einer Zeit erbaut, als die Wasserkraft des Dorfbachs (Nebenarm der Glonn) genutzt wurde, um Getreide zu mahlen und Mehl herzustellen. Die Meir Mühle spielte dabei schon immer eine wichtige Rolle in der Ortsgemeinschaft: Die Mühle war ein zentraler Ort, an dem Menschen zusammenkamen, um ihre Ernten zu verarbeiten.

Bis nach dem ersten Weltkrieg war die Mühle ausschließlich eine Lohnmühle, zu der die Bauern der näheren Umgebung ihr Getreide brachten, es zu Mehl verarbeiten ließen und wieder mitnahmen. Im Jahr 1925 wurde die Mühle von den Eheleuten Maria und Georg Meir, dem Ur-Opa des heutigen Betreibers Josef Meir, erweitert und in seiner heutigen Form errichtet. Seither wird in der Meir Mühle auch eigenes Mehl hergestellt und an Bäcker im Landkreis und im gesamten Großraum München verkauft.

In der Umgebung der Arnbacher Mühle hat das Mühlensterben seither vielfach seine Opfer gefordert: Während der Glonnregulierung stellten die Obermoosmühle und die Steigermühle in Markt Indersdorf jeweils ihren Betrieb ein. In der Untermoosmühle endete der Mühlenbetrieb am 01. Juli 1969. Die Arnbacher Mühle aber besteht weiter, als besonders Bindeglied zwischen der Vergangenheit und der Zukunft.

Im Laufe der letzten 100 Jahre wurde die Meir-Mühle dazu von Josef Meir (Großvater des heutigen Betreibers), Blasius Meir (Vater des heutigen Betreibers) und dem heutigen Müller Josef Meir und seiner Mutter kontinuierlich modernisiert und neue Technologien eingeführt. Elektrische Antriebe und hochmoderne Anlagen ergänzen heute die traditionelle Wasserkraft.

Die Meir Mühle ist gelebte Tradition, die sich nicht dem Fortschritt verweigert: 1957 wurde das Turbinenhaus neu gebaut und eine neue Turbine eingesetzt. Um 1959 wurde ein Generator gekauft zur Stromerzeugung. 1969 wurde das Silo gebaut. 1986 wurde die Mühle vollautomatisiert. Innerhalb von 24 Stunden können nun 15 Tonnen Weizen gemahlen werden können. Eine computergesteuerte Mehlsiloanlage wurde 1999 eingebaut. 2002 wurde die Turbinenanlage generalüberholt und der Wasserbau bei der Mühle teilweise erneuert.

Seit 2006 leiten die Geschicke der Meir Mühle Josef Meir und seine Mutter Rosa Meir. Josef Meir ist gelernter Müller und führt mit Leidenschaft, Herzblut und handwerklichem Können die über 100 Jahre alte Familientradition der Meir Mühle fort.

Bis heute besteht die Mühle in den historischen Gebäuden aus dem Jahr 1925. Bis heute wird die Verbindung zwischen Tradition und Innovation groß geschrieben in der Meir Mühle: Als nächster Meilenstein ist die Inbetriebnahme einer modernen PV-Anlage geplant.